1990年，深圳证券交易所开始交易时，给每支股票配了一个6位数的代码。当时深市上市的都是老五股（深发展、深中冶、深金田、深华联和深原野）和中行、农行等几家公司的可转债。
后来深交所觉得6位数太少了，不能满足所有公司融资的需要，又推出2位数代码的B股，供境外投资者交易。上交所则一直沿用沪市的13位数代码，到2001年才改成6位数代码。 由于历史原因，目前A股的代码都是6位数，而B股的代码则是2位数。不过从2005年起，沪深两市都实行了“股权分置改革”，改变了非流通股的属性，使得“同股不同权”的现象成为历史，A股与B股的区别只剩下面值的不同（A股面值人民币，B股面值美元）和交易时间不同（A股是交易日全天交易，B股是只安排一个上午的交易）等等。
随着市场的发展，为了便于识别，一些上市公司对代码进行自主变更，如600776(东方通信)变更为600077；还有一些对代码进行延伸变更，如000002（万科A）变为000008；更有意思的是600649(阳光股份)将代码中的“6”改为“0”，变为000649，然后改名为中科云网，再改为000933。
彭仪凡优质答主沪深证券交易所在80年代初的时候就开始萌芽了，当时上交所和深交所的代码是连续编排的，所以一开始上交所的代码有从0001开始的，如延中实业(已退市)，上交所迁往上海以后，为了区别，才出现了0557和0686这两个代码，深交所的代码一开始是从0001开始的，后来发行的0100以上的代码，如海王生物等都是原来深圳证券交易所迁往深圳后新发行的代码，深圳证券交易所则接手了0001-0099这100个代码，所以出现了万科A这类0002代码。
深圳证券交易所与上海证券交易所1990年同时开始筹备。1991年深圳证券交易所正式开业，当年3月21日，国务院证券委员会批复中国证券监督管理委员会，同意深圳证券交易所接收深圳证券交易所原在中心柜交易的上市公司股票和公司债券，转为场内交易。随后，又同意了广东省政府关于深圳证券交易所与深圳证券交易所合并的请示。深圳证券交易所在接收深圳证券交易所上市公司证券和自办发行证券过程中，证券代码产生过重复。为了解决这一问题，经中国证券监督管理委员会批复(证监发审字[1991]18号)，深圳证券交易所于1991年4月22日发布《关于调整部分上市证券代码的通知》，决定调整部分证券代码。此后深圳证券交易所发行上市的证券，与上海交易所的代码分离，并依次排序。
